甲状腺肿的原因有多种。一般来说，碘缺乏是导致甲状腺肿的常见原因之一，当人体长期摄入碘不足时，甲状腺会代偿性增生肿大，在一些地区，约有10% - 20%的甲状腺肿与碘缺乏有关。
碘摄入异常导致
碘缺乏： 人体每天需要一定量的碘来合成甲状腺激素，当饮食中碘摄入不足，比如一些远离海洋且碘含量低的内陆地区居民，甲状腺就会通过增大来试图摄取更多碘，从而引发甲状腺肿。碘过量： 虽然碘缺乏会引起甲状腺肿，但碘摄入过多也可能导致，比如长期大量食用含碘丰富的食物，像过量食用海带等，也会干扰甲状腺激素的正常合成与分泌，进而引起甲状腺肿。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 有些甲状腺肿具有遗传易感性，如果家族中有甲状腺肿的病史，那么家族成员患甲状腺肿的风险可能会相对较高。研究发现，某些特定的基因变异可能会使个体更容易受到各种因素影响而发生甲状腺肿。例如，一些常染色体显性遗传的甲状腺肿相关基因缺陷，会增加甲状腺组织异常增生的可能性。
疾病相关因素
自身免疫性疾病： 像自身免疫性甲状腺炎，如桥本甲状腺炎，患者体内会产生攻击甲状腺的自身抗体，这些抗体持续作用会导致甲状腺组织受损、炎症反应，进而引起甲状腺肿大。在自身免疫性甲状腺炎患者中，有相当一部分会出现不同程度的甲状腺肿。药物影响： 某些药物也可能引发甲状腺肿，比如胺碘酮，它含有较高的碘，长期服用可能干扰甲状腺的正常功能，导致甲状腺肿；还有一些抑制甲状腺激素合成的药物，长期使用也可能通过反馈机制引起甲状腺代偿性肿大。