手指甲不平有凹凸可能由多种原因引起。比如，指甲出现凹凸不平的情况，首先可能是甲营养不良导致的，这时候指甲会变得脆弱、有凹凸，一般这种情况可能和身体缺乏某些维生素或微量元素有关，像缺乏维生素A、钙等都可能引发。
一、甲真菌病导致
甲真菌病： 这是由真菌感染引起的。真菌会侵袭指甲，导致指甲的外观发生改变，出现凹凸不平的现象。比如红色毛癣菌等真菌感染，会让指甲变得浑浊、增厚，表面不平整。而且甲真菌病具有传染性，如果不及时处理，可能会传染给其他指甲或者身边的人。免疫力因素： 当人体免疫力较低时，更容易受到真菌的侵袭引发甲真菌病。比如糖尿病患者、长期服用免疫抑制剂的人，由于自身抵抗力下降，就比较容易患上甲真菌病，出现手指甲凹凸不平的情况。
二、外伤影响
外力撞击： 如果手指曾经受到过严重的外力撞击，比如被重物砸到，可能会导致甲床受损，进而影响指甲的生长，使新长出的指甲出现凹凸不平的状况。一般有明显的外伤史，能回忆起手指曾受到过较大的外力伤害。长期摩擦： 一些特殊职业的人，手指长期受到摩擦，像经常用手从事重体力劳动或者弹奏乐器等，长期的摩擦会影响指甲的正常生长，导致指甲凹凸不平。例如长期弹吉他的人，手指经常和琴弦摩擦，指甲可能会出现凹凸不平的情况。
三、皮肤病累及
银屑病： 银屑病是一种常见的皮肤病，如果累及到指甲，就可能引起指甲的病变，出现凹凸不平的现象。大约有5% - 50%的银屑病患者会出现甲受累的情况，表现为指甲表面凹陷、增厚、分离等。扁平苔藓： 扁平苔藓也可能影响指甲，导致指甲出现凹凸不平。扁平苔藓是一种累及皮肤和黏膜的慢性炎症性疾病，当累及指甲时，指甲会变得粗糙、有纵嵴或者凹陷等，影响指甲的外观。