手指甲不平有凹凸可能是营养不良、甲癣、扁平苔藓、银屑病等原因所致，可以通过调整饮食、药物治疗、物理治疗等方式进行改善，建议及时就医。具体分析如下：
1.营养不良：如果长期饮食不均衡，可能会导致体内缺乏维生素、矿物质等营养物质，从而影响指甲的正常生长，出现手指甲不平有凹凸的情况。患者可以通过调整饮食结构，多吃一些富含维生素、矿物质的食物，如蔬菜、水果、肉类、蛋类等，同时也可以在医生的指导下服用维生素片、钙剂等进行治疗。
2.甲癣：甲癣是由皮肤癣菌感染甲板及甲下所致，可导致指甲出现颜色、形状、质地的改变，出现手指甲不平有凹凸的情况。患者可以在医生的指导下使用抗真菌药物进行治疗，如阿莫罗芬搽剂、酮康唑乳膏等。如果病情比较严重，还需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等。
3.扁平苔藓：扁平苔藓是一种慢性炎症性皮肤病，可累及皮肤、黏膜、指甲等部位，导致指甲出现甲板增厚、萎缩、凹陷等改变，出现手指甲不平有凹凸的情况。患者可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，如泼尼松龙片、他克莫司软膏等。
4.银屑病：银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病，可累及皮肤、指甲等部位，导致指甲出现甲板增厚、凹陷、变形等改变，出现手指甲不平有凹凸的情况。患者可以在医生的指导下使用角质促成剂、角质松解剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，如卡泊三醇软膏、他卡西醇软膏、甲氨蝶呤片、环孢素软胶囊等。
患者在治疗期间需要注意保持指甲的清洁卫生，避免指甲受到外伤或感染。同时，可适当食用一些富含蛋白质、维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、鱼肉、橙子、苹果等，避免食用辛辣、油腻、刺激性的食物，如辣椒、油炸食品、海鲜等。