肾结石的形成与多种因素有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易析出形成结晶，进而发展成肾结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常升高时，就可能引发肾结石。
代谢异常导致
尿液中钙含量过高： 当人体钙代谢出现异常时，比如肠道对钙的吸收增多，又或者肾脏对钙的排泄减少等情况，都会使尿液中钙的浓度升高。像原发性甲状旁腺功能亢进症患者，就会出现血钙升高，进而导致尿钙排出增多，增加肾结石形成的风险。草酸摄入过多： 日常饮食中如果摄入大量含草酸高的食物，如菠菜、苋菜、巧克力等，会使体内草酸含量增多。当草酸在尿液中浓度过高时，就容易与钙结合形成草酸钙结晶，长期积累可能形成肾结石。正常情况下，人体每天摄入草酸的量应控制在一定范围内，过多摄入就易引发问题。
尿路梗阻因素
尿道狭窄： 男性如果存在先天性尿道狭窄，或者因外伤、手术等原因导致尿道狭窄，尿液排出就会受阻。尿液在尿路中停留时间过长，其中的晶体物质就容易沉积下来，逐渐形成肾结石。据临床统计，尿道狭窄患者发生肾结石的概率比正常人群要高不少。输尿管狭窄： 输尿管本身的病变，如输尿管炎症、输尿管息肉等，会造成输尿管狭窄。尿液通过狭窄部位时受阻，使得尿液中的成分更容易沉积，进而引发肾结石。
感染因素影响
细菌感染： 泌尿系统受到细菌感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的晶体物质围绕其沉积。例如大肠杆菌感染泌尿系统后，会改变尿液的酸碱度等环境，促使结石形成。研究发现，有尿路感染病史的人，肾结石的发生率比无尿路感染史的人要高约2 - 3倍。感染导致尿液成分改变： 细菌感染会使尿液中的一些成分发生变化，比如产生尿素酶的细菌可分解尿液中的尿素，产生氨，使尿液碱化，导致磷酸镁铵及磷酸钙沉积，从而形成感染性结石。
其他相关因素
水分摄入不足： 如果日常饮水过少，尿量就会减少，尿液中各种溶质的浓度相对升高，晶体物质更容易析出形成结石。一般建议每天饮水量应保持在2000毫升以上，若饮水量不足，就会增加肾结石形成的几率。某些疾病影响： 一些代谢性疾病，如痛风患者，体内尿酸代谢异常，尿酸排出增多，尿液中尿酸浓度升高，容易形成尿酸结石；还有肾小管酸中毒患者，尿液的酸碱平衡失调，也会促进肾结石的形成。