肾囊肿的发病原因目前尚不十分明确，可能与多种因素相关。一般认为，遗传因素是其中一个重要方面，比如常染色体显性遗传多囊肾病，约有85%的患者是由16号染色体上的PKD1基因和4号染色体上的PKD2基因发生突变导致的，这种遗传方式具有一定的家族聚集性。
遗传因素相关
常染色体显性遗传： 像常染色体显性遗传多囊肾病，是常见的与遗传有关的肾囊肿发病因素。这种病有明显的家族遗传倾向，如果家族中有此类患者，其亲属患病的风险会相对较高。研究发现，约85%的常染色体显性遗传多囊肾病患者是由于16号染色体上的PKD1基因和4号染色体上的PKD2基因发生突变引起的。遗传概率： 在常染色体显性遗传多囊肾病中，子女从父母那里继承突变基因的概率约为50%，也就是有一半的概率会遗传患病。
肾小管憩室发展
后天肾小管憩室演变： 随着年龄增长，肾小管憩室可能会逐渐发展成肾囊肿。一般来说，30 - 40岁以后，肾小管憩室的发生率会逐渐增加。最初肾小管出现局部憩室样改变，之后憩室不断扩大，就有可能形成肾囊肿。而且随着年龄的进一步增长，肾囊肿的数量和大小也可能会逐渐增多、增大。个体差异影响： 不同个体肾小管憩室发展成肾囊肿的速度不一样，这与个人的身体代谢、肾脏局部微环境等多种因素有关。有的人可能憩室长期保持稳定，而有的人憩室会较快发展为肾囊肿。
其他潜在因素
肾脏感染与损伤： 肾脏受到感染或者损伤后，可能会影响肾脏的正常结构和功能，进而增加肾囊肿的发病风险。比如肾脏曾经有过炎症性病变，像肾盂肾炎等，炎症反复刺激可能会导致肾小管等结构发生改变，引发肾囊肿。另外，肾脏受到外伤后，局部组织修复过程中也可能出现异常，增加肾囊肿形成的几率。代谢异常： 一些代谢异常情况也可能与肾囊肿发病有关。例如体内的某些代谢物质失衡，可能会影响肾脏细胞的代谢和功能，导致肾脏结构出现变化，促使肾囊肿形成。不过具体的代谢异常指标和肾囊肿发病的关联还在进一步研究中，但可以确定代谢异常是一个可能的潜在因素。