生理性和病理性黄疸在多个方面存在区别。通常新生儿出生后2-3天开始出现生理性黄疸，一般足月儿黄疸在2周内消退，早产儿黄疸可延长至3-4周消退，且血清胆红素值足月儿不超过12.9mg/dl，早产儿不超过15mg/dl，宝宝一般情况良好，吃奶、精神等都正常。
出现时间与消退时间
生理性黄疸： 大多在出生后2 - 3天出现，4 - 6天达到高峰，足月儿一般在出生后2周内消退，早产儿则可延迟到3 - 4周消退。病理性黄疸： 出现时间较早，可能在出生后24小时内就出现；而且消退时间较晚，足月儿超过2周仍不消退，早产儿超过4周还未消退，甚至消退后又再次出现。
黄疸程度
生理性黄疸： 血清胆红素值足月儿不超过12.9mg/dl，早产儿不超过15mg/dl。病理性黄疸： 血清胆红素值足月儿超过12.9mg/dl，早产儿超过15mg/dl，或者每日血清胆红素升高超过5mg/dl。
伴随症状
生理性黄疸： 宝宝一般精神状态较好，吃奶正常，没有其他不适症状。病理性黄疸： 可能伴有精神萎靡、嗜睡、拒奶、哭声低弱等表现，严重的还可能出现抽搐、角弓反张、发热等症状。比如新生儿溶血病引起的病理性黄疸，除了黄疸明显外，还可能有贫血、肝脾肿大等表现；感染引起的病理性黄疸，可能伴有感染部位的相应症状，像肺炎引起的会有咳嗽、呼吸急促等。