胃肠功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物来缓解症状，比如常用的多潘立酮，一般能在一定程度上促进胃肠蠕动，改善消化不良等情况。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体阻滞剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 选择性激动5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱等症状。但对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
改善消化功能类药物
消化酶制剂： 如复方消化酶胶囊，含有胃蛋白酶、木瓜酶、淀粉酶、熊去氧胆酸等多种消化酶，能促进食物消化，增进食欲。可用于因胰液、胆汁分泌不足或消化酶缺乏而引起的消化不良。但急性胰腺炎早期患者、胆道梗阻患者禁用。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用。用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等。但应注意不宜与抗菌药物、吸附剂同时服用，若需合用，间隔3小时以上。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群，改善肠道功能；对肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、功能性消化不良有治疗作用。不过，应避免与抗菌药物同服，如需服用，间隔2-3小时。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道微生态环境。适用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻，也可用于其他原因引起的胃肠道菌群失调的防治。但抗菌药可抑制其生长繁殖，应避免同时使用。