胃肠功能紊乱可以用调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物来改善，比如常用的多潘立酮可以促进胃肠动力，一般能在一定程度上缓解胃肠功能紊乱相关的不适。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能增强胃蠕动，促进胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要是通过阻断多巴胺受体，加快胃肠蠕动来发挥作用。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良等引起的胃肠功能紊乱症状。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调导致的胃肠功能紊乱，比如腹泻、便秘等情况。枯草杆菌二联活菌颗粒： 其中的活菌可直接补充正常生理菌群，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道菌群的目的，对胃肠功能紊乱有一定的调节作用。
对症治疗的其他药物
复方消化酶胶囊： 含有多种消化酶，如胃蛋白酶、胰淀粉酶等，能促进食物消化，改善因消化功能不良引起的胃肠功能紊乱，缓解食欲不振、腹胀等症状。匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性的钙拮抗药，可缓解胃肠道的痉挛，用于治疗与胃肠功能紊乱有关的疼痛、排便异常和肠道不适等症状。
特殊人群用药注意
儿童： 儿童使用调节胃肠动力或肠道菌群的药物时需谨慎，应在医生指导下选择合适的药物及剂量。比如儿童用枯草杆菌二联活菌颗粒时，要根据年龄和体重来确定服用量。老年人： 老年人胃肠功能紊乱用药时要考虑药物相互作用等因素。例如老年人同时服用多种药物时，需留意多潘立酮与其他药物是否会产生不良相互作用，必要时咨询医生调整用药方案。孕妇： 孕妇出现胃肠功能紊乱用药更需谨慎，像匹维溴铵在孕妇中的安全性尚未完全确定，一般需医生评估后再决定是否用药及选择合适药物。