胃肠功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化功能等药物来缓解症状。比如常用的有促胃肠动力药多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般能在一定程度上改善胃肠功能紊乱引起的腹胀等问题。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体阻滞剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，促进胃排空，缓解消化不良、腹胀、嗳气等胃肠功能紊乱相关症状。一般适用于成人因胃肠动力不足导致的不适，但儿童使用需谨慎，需在医生指导下根据体重等情况用药。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、胃肠功能紊乱引起的早饱、恶心、呕吐等症状。它的起效相对较快，成人常用，但老年人使用时也需要密切关注身体反应。
调节消化功能类药物
消化酶制剂： 如复方消化酶胶囊，含有多种消化酶，包括淀粉酶、胃蛋白酶、胰酶等，能促进食物的消化，改善因消化功能弱引起的胃肠功能紊乱，适用于消化酶分泌不足导致消化不良的人群，一般成人可以服用，但对其中成分过敏者禁用。乳酸菌素片： 可在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，还能刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，促进有益菌生长，调节肠道菌群，改善胃肠功能紊乱。儿童也可以服用，比如儿童出现胃肠功能紊乱引起的消化不良等情况可以考虑使用，但服用时要注意按照合适的剂量。
调节精神心理类药物
舒肝解郁胶囊： 如果胃肠功能紊乱与精神心理因素密切相关，比如长期焦虑、抑郁等导致的胃肠不适，舒肝解郁胶囊有一定作用。它能疏肝解郁、健脾安神，适用于轻、中度单相抑郁症属肝郁脾虚证者，对于胃肠功能紊乱伴有情绪问题的成人有一定帮助，但孕妇慎用。百忧解（盐酸氟西汀胶囊）： 属于抗抑郁药，对于一些因严重精神心理问题引发胃肠功能紊乱的成人患者，在医生评估后可能会使用。不过它有一定的副作用和药物相互作用，必须在医生严格指导下使用，儿童使用要特别谨慎。