新生儿便秘可能由多种原因引起。一般来说，新生儿肠道功能发育不完善是常见因素之一。比如，约有10% - 20%的新生儿可能因肠道神经节细胞发育暂时不完善出现功能性便秘情况。
喂养相关原因
母乳喂养不足： 如果母乳喂养的新生儿，妈妈乳汁分泌量少，宝宝没吃饱，就可能导致大便量少、干结。比如宝宝每天吃奶次数少于8 - 12次，就可能出现这种情况。配方奶冲调不当： 配方奶冲调过稠，会使新生儿摄入过多蛋白质等成分，超过肠道消化吸收能力，容易引发便秘。一般建议按照配方奶包装上的标准比例来冲调。
肠道自身问题
先天性肠道畸形： 像先天性巨结肠就是比较常见的一种肠道畸形，由于结肠远端肠壁肌间神经节细胞缺如，导致肠管痉挛，粪便通过困难，从而引起便秘。这种情况需要及时就医检查，可能需要通过手术等方式治疗。肠道菌群失调： 新生儿肠道菌群还未完全建立稳定，如果因为使用抗生素等原因破坏了肠道菌群平衡，也会出现便秘。比如新生儿因感染使用了抗生素后，肠道有益菌减少，就可能引发便秘。
其他外在因素
环境温度影响： 新生儿对环境温度变化比较敏感，如果环境温度过高或过低，可能影响新生儿的胃肠蠕动。例如环境温度低于20℃时，新生儿胃肠蠕动可能减慢，导致便秘。衣物包裹过紧： 新生儿衣物包裹过紧会影响腹部的正常蠕动，进而影响排便。所以要给新生儿选择宽松合适的衣物。