引起肠炎的主要原因有多种。一般来说，细菌感染是常见原因之一，比如大肠杆菌等细菌感染肠道后，可能导致肠道炎症，约有30%左右的肠炎是由细菌感染引发。
细菌感染因素
肠道细菌感染： 像志贺菌属引起的细菌性痢疾，会使肠道出现炎症反应，表现为腹痛、腹泻等症状。还有沙门菌属感染，也容易造成肠炎，患者可能会有发热、腹泻等情况。食物被细菌污染： 如果食物在制作、储存或运输过程中被细菌污染，人食用后就很容易引发肠炎。例如，变质的肉类、奶类等食物中可能含有大量细菌，食用后就可能导致肠道感染发炎。
病毒感染因素
轮状病毒感染： 多见于婴幼儿，轮状病毒感染肠道后，会引起肠道黏膜的炎症，导致腹泻，而且腹泻可能比较严重，每天腹泻次数可能达到数次到十余次不等。诺如病毒感染： 诺如病毒感染也常引发肠炎，会造成呕吐、腹泻等症状，在学校、医院等人群密集场所容易传播，感染后短时间内就可能出现肠道炎症反应。
寄生虫感染因素
阿米巴原虫感染： 阿米巴原虫侵入肠道后，会在肠道内繁殖生长，破坏肠道黏膜，引起肠炎，患者可能会有腹痛、黏液脓血便等表现。贾第虫感染： 贾第虫感染肠道后，会导致肠道出现炎症，引发腹泻、腹痛等症状，影响肠道的正常功能。