巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症的一种病变，是子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，其中长在卵巢上并反复出血形成单个或多个囊肿，因囊内液体类似巧克力色而得名。一般认为，经血逆流种植是导致巧克力囊肿的重要原因。
经血逆流种植相关因素
经期宫腔操作： 比如人工流产、清宫手术等，可能会增加经血逆流的风险。有研究发现，这类宫腔操作后发生巧克力囊肿的几率比没有宫腔操作的女性要高一些。经期剧烈运动： 女性在月经期间如果进行剧烈运动，像快跑、跳高等，会促使经血更容易逆流。比如一些热爱运动的女性，在经期仍坚持高强度运动，就可能增加患巧克力囊肿的可能性。
免疫系统异常因素
自身免疫功能缺陷： 当人体免疫系统出现异常时，无法正常识别和清除异位的子宫内膜组织。例如，一些自身免疫性疾病患者，身体的免疫监视功能下降，使得异位的子宫内膜得以在卵巢部位存活并生长，逐渐形成巧克力囊肿。遗传因素影响： 遗传也在其中起到一定作用。如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症相关疾病，那么女性患巧克力囊肿的风险会相对增高。有家族史的女性，患病几率比没有家族史的女性大概高2 - 3倍左右。
内分泌因素影响
雌激素水平影响： 雌激素对子宫内膜的生长有促进作用。体内雌激素水平过高时，会刺激子宫内膜异位组织生长。比如长期服用含有雌激素的保健品或者某些药物，可能会使体内雌激素水平失衡，进而增加巧克力囊肿的发生风险。孕激素调节失常： 孕激素能够抑制子宫内膜的生长。如果孕激素调节出现失常，子宫内膜异位组织就不容易被抑制，从而在卵巢部位持续生长形成囊肿。例如一些患有内分泌疾病导致孕激素分泌异常的女性，更容易患上巧克力囊肿。