扁桃体总是发炎通常是由多种因素引起的。一般来说，人体免疫力低下时，比如儿童及年老体弱者，更容易受到病菌侵袭导致扁桃体发炎，据统计，儿童扁桃体炎的发生率相对较高。
一、病原体感染因素
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，这种细菌容易在人体抵抗力下降时大量繁殖，引发扁桃体炎症。此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能导致扁桃体发炎。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等病毒感染也是引发扁桃体发炎的重要原因，例如在病毒性感冒流行时，很多人会出现扁桃体伴随发炎的情况。
二、自身免疫相关因素
变态反应： 当人体处于过敏状态时，也可能累及扁桃体引发炎症。比如对某些食物、花粉等过敏，免疫系统被激活后可能攻击扁桃体组织，导致其反复发炎。自身免疫性疾病影响： 一些自身免疫性疾病，如类风湿关节炎等，也可能间接影响扁桃体，使其容易出现发炎的状况，因为自身免疫紊乱会使身体的防御机制出现异常。
三、局部因素
扁桃体隐窝引流不畅： 扁桃体表面有许多小隐窝，如果隐窝口堵塞，其中的细菌、病毒等病原体就容易滋生繁殖，进而引发炎症，而且这种情况容易导致炎症反复出现。邻近器官炎症蔓延： 比如鼻窦炎、咽炎等邻近器官的炎症如果没有得到有效控制，炎症可能蔓延至扁桃体，引起扁桃体发炎，并且容易反复发作。例如鼻窦炎患者，鼻腔的炎症分泌物可能倒流至扁桃体部位，长期刺激就会使扁桃体总是发炎。