扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌感染病因的10%-30%。此外，病毒感染也能引发扁桃体发炎，像EB病毒、鼻病毒等都可能导致，不过病毒感染引发的扁桃体发炎通常病情相对较轻。
病原体感染因素
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引起扁桃体发炎。这些细菌通常是在人体抵抗力下降时，比如过度疲劳、受凉等情况下，侵入扁桃体引发炎症。病毒感染： 除了EB病毒、鼻病毒，柯萨奇病毒、腺病毒等也会导致扁桃体发炎。例如腺病毒引起的扁桃体发炎，常常会伴有咽喉疼痛、发热等症状，而且在儿童群体中相对比较常见。
自身抵抗力因素
儿童时期抵抗力弱： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相比成年人更容易受到病原体的侵袭，所以儿童患扁桃体发炎的几率相对较高。一般3-10岁的儿童是扁桃体发炎的高发人群。过度劳累： 长期过度劳累会使人体的免疫力下降，比如学生备考期间、工作者长期加班等情况，身体处于疲劳状态，就容易让病原体有可乘之机，引发扁桃体发炎。受凉： 当人体受到寒冷刺激时，呼吸道的局部抵抗力会降低，像寒冷的天气里没有及时添加衣物，就可能导致病毒或细菌侵入扁桃体，引发炎症。
邻近器官炎症蔓延因素
鼻炎、鼻窦炎： 鼻腔和鼻窦的炎症如果不及时治疗，炎症可能会蔓延到扁桃体。例如鼻炎患者鼻腔分泌物增多，这些分泌物可能会倒流至扁桃体部位，刺激扁桃体引发发炎。咽炎： 咽部的炎症也容易波及扁桃体，咽炎和扁桃体炎常常相互影响。比如慢性咽炎患者，炎症可能会逐渐累及扁桃体，导致扁桃体发炎反复发作。