扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎的10%~30%。
病原体感染因素
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。比如肺炎链球菌感染后，细菌会在扁桃体隐窝内繁殖，导致扁桃体红肿、疼痛等炎症反应。病毒感染： 常见的有腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等。例如腺病毒感染引起的扁桃体炎，多发生在儿童群体中，会出现发热、扁桃体充血肿大等症状，病程一般在1~2周左右。
自身免疫力因素
免疫力低下时易发病： 当人体过度劳累、长期睡眠不足、营养不良等情况下，免疫力会下降，此时原本寄生于扁桃体隐窝内的病原体就容易大量繁殖，引发扁桃体发炎。比如长期熬夜的人，相比作息规律的人，患扁桃体炎的几率会高出2~3倍。儿童更易受影响： 儿童的免疫系统尚未发育完全，相对成人更容易受到病原体的侵袭而发生扁桃体发炎。而且儿童在幼儿园、学校等集体环境中，接触病原体的机会较多，所以儿童扁桃体发炎的发病率相对较高。
环境因素影响
季节变化影响： 在季节更替的时候，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受凉，导致呼吸道局部抵抗力下降，从而诱发扁桃体发炎。一般在秋冬季节和冬春季节交替时，扁桃体发炎的患者数量会明显增多。空气污染的影响： 长期处于空气污染严重的环境中，如空气中含有大量的烟雾、粉尘、有害气体等，这些有害物质会刺激扁桃体黏膜，损伤其防御功能，使病原体更容易入侵引发炎症。比如在工业污染严重的地区，居民患扁桃体发炎的概率比空气质量好的地区要高1.5倍左右。