总长口腔溃疡可能由多种原因引起。一般来说，复发性阿弗他溃疡的患病率在人群中可达20%左右，它的发生与多种因素相关。
一、免疫系统因素
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现紊乱时，可能会攻击自身口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如一些自身免疫性疾病患者，像白塞病患者就常反复出现口腔溃疡，同时还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。免疫力低下： 当人体整体免疫力较低时，容易受到病原体侵袭，进而诱发口腔溃疡。例如长期熬夜、过度劳累的人，身体免疫力下降，就更容易长口腔溃疡，一般这种情况持续一段时间后，免疫力恢复可能会使溃疡有所缓解，但如果长期不改善，溃疡会反复出现。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族缺乏，会影响口腔黏膜的正常代谢。比如缺乏维生素B2时，就可能导致口腔黏膜易受损，引发溃疡。一般饮食中摄入富含维生素B族的食物不足，像长期挑食、节食的人就容易出现这种情况。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌时会影响细胞的正常分裂和修复，从而导致口腔溃疡反复发生。比如一些素食者如果饮食中锌摄入不足，就可能增加长口腔溃疡的几率。
三、局部刺激因素
牙齿刺激： 口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，会持续摩擦口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。例如有锐利牙尖的牙齿，长期摩擦口腔颊侧黏膜，就会导致局部反复出现溃疡，这种情况在经过口腔科医生处理，去除刺激因素后，溃疡可能会逐渐愈合，但如果刺激因素未消除，溃疡又会复发。不良习惯： 长期吸烟、酗酒的人，烟草中的尼古丁和酒精等成分会刺激口腔黏膜，容易引发口腔溃疡。一般吸烟的人患口腔溃疡的概率比不吸烟的人要高，而且酗酒会影响身体的营养吸收和代谢，也会增加长口腔溃疡的风险。