早上起床后小腿肌肉酸痛可能由多种原因导致。比如运动因素，如果前一天进行了较长时间或较剧烈的运动，像跑步、爬山等，就容易出现这种情况。一般来说，运动后24 - 48小时内可能会出现小腿肌肉酸痛。
运动相关原因
剧烈运动后乳酸堆积： 当进行大量运动时，肌肉会进行无氧呼吸，产生乳酸。如果乳酸堆积在小腿肌肉中，就会引起酸痛。这种情况在长时间不运动后突然剧烈运动时更易发生。比如平时很少运动，突然跑了几公里，第二天早上就可能小腿肌肉酸痛。肌肉拉伤： 如果运动时姿势不当或者用力过猛，可能会造成小腿肌肉拉伤，从而导致早上起床后酸痛。比如跳远时发力不当，就可能拉伤小腿肌肉。
疾病因素
腰椎间盘突出症： 突出的腰椎间盘可能会压迫支配小腿的神经，从而引起小腿肌肉酸痛。这种情况多见于长期久坐、弯腰工作的人群。而且病情可能会随着时间逐渐加重，除了小腿酸痛，还可能伴有下肢麻木等症状。下肢血管病变： 如下肢动脉硬化闭塞症，会影响下肢血液循环，导致小腿肌肉缺血缺氧，引起酸痛。一般多见于中老年人，尤其是有高血压、高血脂等基础疾病的人。
其他因素
寒冷刺激： 晚上睡眠时如果小腿保暖不好，受到寒冷刺激，会引起小腿肌肉痉挛，进而导致酸痛。比如冬天睡觉时没盖好被子，小腿暴露在外面，就容易出现这种情况。缺钙： 老年人、孕妇等人群容易缺钙，血钙浓度降低会影响肌肉的正常收缩和舒张功能，导致小腿肌肉酸痛。尤其是孕妇在孕期对钙的需求增加，如果没有及时补充，就容易出现这种情况。