早上起来小腿肌肉酸痛可能由多种原因引起。一般来说，运动相关因素较为常见，比如前一天进行了较长时间或较剧烈的运动，像连续快走1小时以上，肌肉会产生乳酸堆积，就可能导致早上起来小腿肌肉酸痛。
一、运动因素导致
过度运动后： 若前一天进行了高强度的无氧运动，如短跑、跳绳等，小腿肌肉在运动过程中会无氧酵解产生乳酸，当乳酸堆积过多时，早上起来就容易出现酸痛感。通常这种情况经过适当休息和拉伸，酸痛会在1 - 2天内逐渐缓解。运动方式不当： 比如突然增加运动量或者运动姿势不正确，也会引起小腿肌肉酸痛。例如原本很少运动的人突然进行长时间跑步，小腿肌肉无法适应，就容易出现酸痛。
二、缺乏钙元素
钙摄入不足： 人体缺钙时，神经肌肉的兴奋性会增高，容易导致肌肉痉挛，从而引起小腿肌肉酸痛。成年人每天钙的推荐摄入量约为800毫克，长期钙摄入不足，像日常饮食中奶制品、豆制品等含钙丰富的食物摄入过少，就可能出现这种情况。维生素D缺乏： 维生素D能促进钙的吸收，若体内维生素D缺乏，也会影响钙的吸收利用，进而导致小腿肌肉酸痛。
三、疾病因素
下肢血管病变： 如下肢动脉硬化闭塞症，会影响腿部血液循环，早上起来可能出现小腿肌肉酸痛，同时还可能伴有下肢发凉、麻木等症状。腰椎间盘突出症： 当腰椎间盘突出压迫到支配小腿的神经时，也可能引起小腿肌肉酸痛，往往还会伴有腰痛、下肢放射性疼痛等表现。风湿性关节炎： 风湿性关节炎累及小腿关节周围肌肉时，早上起来也可能出现酸痛，一般还会有关节红肿、疼痛等症状，且疼痛会随天气变化而有一定波动。