小儿高烧39度反复发作的常见原因包括感染性因素和非感染性因素。如果小儿出现反复高烧，需要及时明确原因并进行治疗。
一、感染性因素
1.最常见的导致反复高烧的原因往往是感染了病毒、细菌、支原体、衣原体等。若出现反复高烧，要就医检查引起感染的病原体。然后根据具体情况进行相应治疗，如抗感染、抗病毒、抗真菌等，同时可辅助以物理方式降温。
(1)如果是细菌感染引起的，应选择敏感的抗生素药物进行抗感染治疗，例如头孢拉定、阿莫西林等，同时应用退热药物如布洛芬、对乙酰氨基酚等进行治疗，还可配合温水擦拭或冰敷等物理方式来辅助降温。
(2)若是衣原体、支原体感染导致发热，则可选择大环内酯类抗生素，如罗红霉素。
二、非感染性因素
1.小儿反复高烧还可能是由非感染性因素引起，比如川崎病、积食等。当孩子反复高烧且持续时间超过三天，就要尽快就医明确高烧反复发作的原因。同时，家长要留意小儿是否还有其他不适症状，比如是否出现大小便异常、皮疹、关节红肿等情况。
(1)以川崎病为例，会出现发热症状，体温可高达39～40℃，同时小儿身上还会出现皮疹，所以常被误诊为感冒、麻疹或猩红热等。一旦误诊而延误治疗时机，很可能发展成小儿冠状动脉病变，这是成年后发生冠心病的潜在危险因素，所以家长一定要注意。在起病3～4天会出现无脓性分泌物，烧退后会消散。还会有唇充血皲裂，口腔黏膜弥漫充血，舌乳头突起、充血呈草莓舌，以及手足硬性水肿和掌跖红斑，也会在一周内出现多形性红斑和猩红热样皮疹。治疗目的是控制全身非特异性血管炎，防止冠状动脉损伤的发生，通常会采用静脉注射免疫球蛋白或丙种球蛋白、阿司匹林、皮质激素等药物进行治疗。
总之，对于小儿高烧39度反复发作的情况，要重视并及时查找原因，以便采取有效的治疗措施，避免延误病情导致不良后果。