经常长口腔溃疡的原因有多种。一般来说，免疫力低下是常见因素之一，比如一些人因为过度劳累、睡眠不足等，导致身体免疫力下降，使口腔黏膜容易受到病菌侵袭从而经常长口腔溃疡，有研究表明约30% - 40%的口腔溃疡患者存在免疫力方面的问题。
一、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B6、维生素B12以及叶酸等维生素时，容易引发口腔溃疡。例如，长期吃素的人如果饮食搭配不合理，就较易缺乏这些维生素。一般成年人每天需要摄入维生素B2约1.2 - 1.5毫克，维生素B6约1.2 - 1.5毫克等，缺乏时就可能增加长口腔溃疡的几率。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也和口腔溃疡有关。锌参与人体很多重要的生理过程，缺乏锌时会影响细胞的正常分裂和修复，从而导致口腔溃疡频繁发生。正常成年人每天锌的摄入量建议在10 - 15毫克左右，缺乏时就可能引发问题。
二、口腔局部刺激因素
创伤性因素： 口腔内有残根、残冠、锐利的牙尖等，会不断摩擦口腔黏膜，从而引起口腔溃疡。比如有残根的患者，残根边缘比较锐利，长期刺激口腔黏膜，就会经常出现口腔溃疡。这种情况需要及时处理残根、残冠等，去除刺激因素。不良习惯： 经常咬颊、咬舌，或者喜欢吃辛辣、过烫的食物等不良习惯，也会刺激口腔黏膜，导致口腔溃疡反复出现。比如有的人喜欢吃很烫的火锅，长期刺激口腔黏膜，就容易长口腔溃疡。
三、系统性疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎等消化系统疾病时，也可能伴随口腔溃疡的发生。例如，胃溃疡患者中约有10% - 20%会同时出现口腔溃疡的症状。这是因为消化系统疾病会影响营养物质的吸收，进而影响口腔黏膜的健康。内分泌紊乱： 女性在月经周期前后，或者怀孕期间，由于体内内分泌发生变化，也容易出现口腔溃疡。比如有些女性在月经前一周左右，口腔溃疡就容易复发，这与体内雌激素水平的变化有关。