疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，治疗主要是对症用药缓解症状。一般来说，可使用一些缓解咽痛、退热的药物。比如，对于发热的患儿，体温超过38.5℃时，可考虑使用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用。
对症治疗药物
退热药物： 常用的有对乙酰氨基酚，适用于儿童退热，一般按照体重给药，能在一定时间内降低体温，缓解发热带来的不适。还有布洛芬，也可用于儿童退热，它的退热持续时间相对较长。缓解咽痛药物： 可以使用含漱液，如生理盐水含漱，能清洁口腔，减轻咽部不适。也可以使用一些局部喷雾，比如含有利多卡因成分的喷雾，能暂时缓解咽痛症状，但要注意儿童使用时的剂量和安全。
抗病毒药物使用情况
一般不常规用抗病毒药： 疱疹性咽峡炎大多是自限性疾病，一般不需要常规使用抗病毒药物。因为目前针对肠道病毒引起的疱疹性咽峡炎，没有特效的抗病毒药物。不过，对于免疫缺陷的患儿等特殊情况，医生可能会评估后考虑使用抗病毒药物，如干扰素等，但这类情况相对较少见。
护理相关注意事项
饮食方面： 患病期间要给患儿提供清淡、易消化的食物，避免吃辛辣、刺激性食物，以免加重咽部疼痛。可以让患儿多吃一些流质或半流质食物，如牛奶、粥等。同时，要保证患儿充足的水分摄入，防止因发热、咽痛导致脱水。休息方面： 患儿需要充分休息，减少活动量，这样有利于身体恢复。要保持室内空气流通，维持适宜的温度和湿度，一般室内温度保持在22 - 25℃，湿度在50% - 60%比较合适，这样能让患儿感觉舒适，促进病情好转。