疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，治疗上主要是对症用药缓解症状。一般来说，可使用干扰素α喷雾或雾化来抗病毒，这对缓解病情有一定帮助。
抗病毒药物选择
干扰素α： 通过喷雾或雾化的方式使用，能抑制病毒复制，对疱疹性咽峡炎的病毒有一定抑制作用，可帮助减轻症状的严重程度和缩短病程。
对症治疗药物
退热药物：
如果患者出现发热症状，体温超过38.5℃时，可考虑使用对乙酰氨基酚来退热。对乙酰氨基酚适用于大多数儿童和成人，但2岁以下儿童使用需要谨慎，需在医生指导下使用。而布洛芬也是常用的退热药物，6个月以上的儿童和成人可以使用，但同样要注意按照正确剂量使用。
缓解咽痛药物：
当患者咽痛较为明显时，可以使用含漱液来缓解，比如生理盐水含漱，能清洁口腔，减轻咽部不适；也可以使用一些局部喷雾制剂，如含有利多卡因成分的喷雾，能暂时缓解咽痛症状，但使用时要注意遵循正确的使用方法和剂量。
日常护理相关
休息与饮食：
患者需要多休息，保证充足的睡眠，这有助于身体恢复。在饮食方面，要给患者提供清淡、易消化的食物，比如米粥、面条等，避免食用辛辣、刺激性食物以及过烫的食物，以免加重咽部疼痛。同时要让患者多喝水，保持咽喉部湿润，每天饮水量建议在1500~2000毫升左右，有助于促进新陈代谢和缓解不适。
隔离与防护：
疱疹性咽峡炎具有传染性，患者需要隔离，避免与他人密切接触，尤其是避免与儿童接触，因为儿童免疫力相对较低，更容易被感染。同时要注意个人卫生，勤洗手，保持室内通风良好，室内温度保持在20~25℃左右，湿度保持在50%~60%为宜，这样的环境有利于患者恢复，也能减少病毒传播的风险。