疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，治疗上主要是对症用药缓解症状。一般来说，可使用一些缓解咽痛、退热等药物。
对症治疗药物
退热药物：
对乙酰氨基酚：适用于体温超过38.5℃的儿童和成人，能通过抑制前列腺素合成发挥退热作用，安全有效，但3个月以下婴儿需谨慎使用，应在医生指导下应用。布洛芬：也是常用的退热药物，对于6个月以上的儿童和成人适用，同样是通过抑制前列腺素合成来退热，退热持续时间相对较长。
缓解咽痛药物：
含漱液：如生理盐水，可用于漱口，能清洁口腔，减轻咽部不适，没有年龄限制，随时可以用，但要注意使用时不要吞咽。还有一些含局部麻醉成分的含漱液，比如苯佐卡因含漱液，能暂时缓解咽痛，但儿童使用需格外谨慎，要在医生指导下使用。含片：像西地碘含片，可直接作用于咽部病变部位，有杀菌抗感染、消肿止痛的作用，成人可以使用，但儿童需在医生评估后使用，且要注意避免儿童误吞。
抗病毒药物使用情况
目前对于疱疹性咽峡炎，并没有特效的抗病毒药物。因为它是病毒感染引起的自限性疾病，一般病程在1周左右。不过，对于免疫缺陷的患者等特殊人群，可能会根据情况使用抗病毒药物，比如更昔洛韦等，但这类药物使用有严格的指征和规范，需要医生根据患者具体病情来判断是否使用。
注意事项及特殊人群用药
儿童用药注意：
儿童患疱疹性咽峡炎时，使用退热药物要严格按照体重等计算合适剂量，比如对乙酰氨基酚的儿童剂量是按每千克体重10 - 15毫克计算，而且要避免同时使用多种含有相同成分的退热药物，防止过量。对于缓解咽痛的含片等，要防止儿童误服。
成人用药注意：
成人使用含漱液时要正确操作，保证含漱液在咽部停留一定时间以发挥作用。使用抗病毒药物时，一定要遵循医生的嘱咐，因为成人免疫缺陷等特殊情况才可能用到，不能自行随意使用抗病毒药物。同时，无论成人还是儿童，用药期间都要密切观察症状变化，如果咽痛加剧、发热持续不退或出现其他新的症状，要及时就医。