毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等选择，一般轻度毛囊炎可外用药物治疗，中重度可能需要配合口服药物。
外用药物治疗
抗生素类外用药： 对于细菌感染引起的毛囊炎，常用的有莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。还有夫西地酸乳膏，对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌活性。一般每天外用2 - 3次，涂抹在患处。抗真菌类外用药： 如果是真菌感染导致的毛囊炎，像酮康唑乳膏就可以使用，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，起到抗真菌作用。还有特比萘芬乳膏，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。通常也是每日外用1 - 2次。
口服药物治疗
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过要注意如果对头孢过敏就不能用。还有四环素类抗生素，像多西环素，但8岁以下儿童一般不建议使用四环素类药物，因为可能会影响牙齿发育等。抗真菌类口服药： 如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能需要口服抗真菌药，例如伊曲康唑，但使用这类药物前需要检查肝功能等，因为它可能会对肝脏有一定影响，而且孕妇、哺乳期女性等特殊人群要慎用。
注意事项
皮肤清洁： 无论使用哪种药物治疗，都要注意保持皮肤清洁，每天可以用温水和温和的清洁剂清洗患处周围的皮肤，但要避免过度清洗，以免刺激皮肤。避免搔抓： 要告诫患者不要搔抓毛囊炎患处，因为搔抓可能会导致感染扩散，使病情加重。饮食注意： 在治疗期间，患者要注意饮食，少吃辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，这些食物可能会加重毛囊的炎症反应。例如要少吃辣椒、油炸食品、蛋糕等。特殊人群： 儿童患毛囊炎时，选择药物要更加谨慎，尽量选择相对安全的外用药物，且要在医生的指导下使用，避免使用不适合儿童的口服药物。孕妇患毛囊炎时，用药更要慎重，需要医生评估后选择对胎儿影响小的药物。