毛囊炎的治疗药方需根据病情轻重等情况选择，一般轻度毛囊炎可外用药物为主，中重度可能需配合口服药物。
外用药物治疗
局部涂抹抗生素药膏： 对于细菌感染引起的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。还有夫西地酸乳膏，对 Gram 阳性球菌尤其葡萄球菌和链球菌有显著抗菌活性。抗真菌外用制剂： 如果是真菌感染导致的毛囊炎，像酮康唑乳膏就可使用，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。还有特比萘芬乳膏，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成障碍而死亡。
口服药物治疗
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，皮损较多时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过对头孢过敏者禁用。还有大环内酯类的红霉素，它能与细菌核糖体 50S 亚基结合，抑制细菌蛋白质合成。抗真菌类口服药： 如果是顽固的真菌感染引起的毛囊炎，可能会用到伊曲康唑，但肝功能不全者要慎用。
中医中药治疗
中药内服： 中医认为毛囊炎多由湿热内蕴，外受热毒，熏蒸肺系，蕴结肌肤，郁久化热，热盛肉腐成脓，脓毒流窜，相互贯通所致。可根据不同证型用药，比如湿热蕴结型，常用五味消毒饮合黄连解毒汤加减，其中金银花、野菊花、蒲公英、紫花地丁、天葵子有清热解毒的作用，黄连、黄芩、黄柏、栀子能清热燥湿泻火。中药外洗： 可用黄柏、苦参、蛇床子等中药煎水外洗，起到清热燥湿、解毒止痒的作用。比如取适量黄柏、苦参、蛇床子加水煎煮，待水温合适时用来清洗患处。