干燥综合症的病因目前尚未完全明确，一般认为是遗传、环境、免疫等多种因素共同作用的结果。据研究，遗传因素在其中起到一定作用，约10%的干燥综合症患者有家族遗传倾向。
遗传因素影响
基因关联： 某些基因的突变或异常表达可能增加患干燥综合症的风险。例如，人类白细胞抗原（HLA）系统中的一些基因位点与干燥综合症的发病相关，研究发现HLA - DR3、HLA - DR4等基因与该病有一定关联。家族聚集性： 如果家族中有亲属患有干燥综合症，那么其他家庭成员患病的概率会比普通人群高一些，但具体的遗传模式较为复杂，不是简单的孟德尔遗传方式。
环境因素作用
病毒感染： 一些病毒可能会诱发干燥综合症。比如EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究表明，感染EB病毒后，可能会导致人体免疫反应异常，进而引发干燥综合症相关的免疫病理改变。例如，在一些干燥综合症患者的唾液腺组织中可能检测到EB病毒的相关成分。射线接触： 长期接触大剂量的射线，可能会影响人体的免疫系统，增加患干燥综合症的可能性。比如从事放射工作的人员，如果防护不当，长时间接触射线，患病风险相对较高。
免疫因素主导
自身免疫反应异常： 患者体内的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺体，尤其是唾液腺和泪腺。正常情况下，免疫系统能够识别和清除外来的病原体等异物，但在干燥综合症患者体内，自身抗体产生异常。例如，患者体内可能会出现抗SSA抗体、抗SSB抗体等自身抗体，这些抗体攻击唾液腺和泪腺的细胞，导致腺体功能受损，出现口干、眼干等干燥综合症的典型症状。免疫细胞失衡： T淋巴细胞和B淋巴细胞等免疫细胞的功能失调也是重要因素。T细胞的异常活化会导致B细胞过度增殖和分泌大量自身抗体，进一步加重免疫炎症反应，破坏外分泌腺体的结构和功能。