巨细胞病毒感染的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于健康人群，多数初次感染巨细胞病毒时可能没有明显症状，约有1/3的人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，这种情况一般持续数周可自行缓解。
一、先天性巨细胞病毒感染症状
胎儿期感染： 部分受感染的胎儿可能出现生长受限，出生体重低于同孕周胎儿。严重感染时还可能导致流产、死胎。新生儿期感染： 约10% - 15%的先天性巨细胞病毒感染新生儿会出现明显症状，如黄疸（皮肤和巩膜发黄）、肝脾肿大、血小板减少性紫癜（皮肤出现瘀点、瘀斑）、肺炎等，还有些可能出现小头畸形、脉络膜视网膜炎等神经系统和眼部的损伤。
二、婴幼儿和儿童巨细胞病毒感染症状
无症状感染： 大部分婴幼儿和儿童感染巨细胞病毒后无明显症状，多在体检或因其他疾病检查时发现。有症状感染： 可能出现发热，体温可达到38℃ - 39℃左右，伴有咳嗽、流涕等上呼吸道感染症状，也可能出现胃肠道症状，如食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等，少数儿童可能出现肝功能异常，表现为转氨酶升高等。
三、成人巨细胞病毒感染症状
免疫正常成人： 多数为无症状感染，部分人感染后可出现类似单核细胞增多症的表现，除了发热、乏力、咽痛外，还可能有肌肉酸痛、头痛等，一般病程2 - 4周可恢复。免疫受损成人： 如器官移植受者、艾滋病患者等，感染巨细胞病毒后症状较为严重，可累及多个器官系统。例如肺部感染时会出现咳嗽、呼吸困难；胃肠道受累可出现腹痛、腹泻、消化道出血等；神经系统受累可能出现头痛、意识障碍、癫痫发作等。