巨细胞病毒感染的症状因感染对象不同而有所差异。对于健康成年人，多数感染后无明显症状，部分人可能出现类似感冒的表现，如发热、乏力、咽痛等，一般持续1 - 3周可自行缓解。而对于胎儿或婴儿等特殊人群，症状则较为复杂。
胎儿期感染的症状
先天性巨细胞病毒感染： 如果胎儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长受限，出生体重低于同孕周正常胎儿。还可能导致肝脏受损，出现黄疸，表现为皮肤和巩膜黄染；脾脏肿大也是常见症状之一，通过超声检查可发现脾脏体积增大。
婴儿期感染的症状
先天性感染的婴儿： 除了上述生长受限、黄疸、脾大外，还可能有小头畸形，头颅大小明显小于正常同龄婴儿；眼睛受累时，可出现脉络膜视网膜炎，影响视力，严重时可导致失明；神经系统方面可能出现运动发育迟缓，如抬头、坐立、行走等动作的发育晚于正常婴儿。出生后获得性感染的婴儿： 多数为隐性感染，部分婴儿可能出现发热，体温可达到38℃ - 39℃左右，同时伴有呼吸道症状，如咳嗽、流涕等，一般症状相对较轻，持续时间较短，数天至2周左右可恢复。
免疫功能低下人群感染的症状
器官移植受者： 感染巨细胞病毒后，可能出现肺炎，表现为咳嗽、呼吸困难、气促等，胸部影像学检查可见肺部浸润影；还可能影响胃肠道，出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状，严重时可导致胃肠道出血。艾滋病患者： 感染巨细胞病毒后，口腔可能出现特征性的病变，如口腔黏膜白斑、溃疡等；眼部感染时可引起视网膜炎，导致视力下降，严重者可失明；中枢神经系统受累时，可出现头痛、意识障碍、抽搐等神经系统症状。