胚胎停止发育的原因较多，据统计，约50% - 60%的胚胎停止发育与染色体异常有关。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 胚胎在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，这是早期胚胎停止发育最常见的原因之一。比如常染色体数目异常，像21 - 三体、18 - 三体等；或者性染色体异常等情况，都会影响胚胎正常发育。父母染色体异常： 若父母一方存在染色体平衡易位、倒位等结构异常，有可能遗传给胚胎，从而导致胚胎停止发育。例如父亲或母亲携带平衡易位染色体，就增加了胚胎染色体异常的风险。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，大约有30% - 40%的胚胎停止发育与黄体功能不全有关；甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都会影响胚胎的生长发育，甲状腺激素分泌异常会干扰胚胎的代谢过程等。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态，阻碍胚胎正常着床和发育；子宫内膜息肉、子宫肌瘤等病变，也可能影响胚胎着床，导致胚胎停止发育。比如较大的子宫肌瘤可能会压迫胚胎着床部位，影响血液供应。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血液循环，导致胎盘梗死，进而影响胚胎的营养供应，引起胚胎停止发育。研究发现，约10% - 20%的复发性胚胎停止发育与自身免疫异常相关。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，也会导致胚胎停止发育。例如母体免疫系统识别胚胎为“外来物”，启动免疫攻击，使得胚胎无法正常生长。
外界因素
环境因素： 长期接触过多的有害物质，如放射性物质、化学毒物（苯、甲醛等），会对胚胎造成损害，影响其正常发育，增加胚胎停止发育的风险。例如在含有高浓度甲醛的环境中工作或生活一段时间后，怀孕可能面临胚胎停止发育的情况。不良生活习惯： 孕妇吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胚胎产生毒害作用，影响胚胎的正常发育。有研究表明，孕妇每天吸烟超过10支，胚胎停止发育的发生率会明显升高；酗酒的孕妇发生胚胎停止发育的概率也远高于不酗酒的孕妇。