干燥综合征的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。据研究，遗传因素在干燥综合征的发病中起到一定作用，例如某些特定的基因位点与干燥综合征的易感性相关，有家族遗传倾向的人群患病风险可能比普通人群高。
遗传因素方面
基因易感性： 一些人类白细胞抗原（HLA）基因与干燥综合征的发病密切相关，像HLA - DR3、HLA - DRw52等基因位点，携带这些基因的个体患干燥综合征的概率相对较高。家族聚集性： 如果家族中有亲属患有干燥综合征，那么其他家族成员患病的风险会比无家族史的人高出数倍。比如一个家族中父母一方患有干燥综合征，其子女患病的可能性就明显增加。
免疫因素方面
自身免疫反应异常： 患者体内的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺体，尤其是唾液腺和泪腺等。免疫系统中的T淋巴细胞和B淋巴细胞功能出现紊乱，导致自身抗体的产生，例如抗SSA抗体、抗SSB抗体等自身抗体在干燥综合征患者体内较为常见。免疫细胞失调： T细胞亚群失衡，辅助性T细胞1（Th1）和辅助性T细胞2（Th2）的平衡被打破，Th1细胞介导的免疫反应增强，导致炎症反应的发生，进而损伤外分泌腺体，引起干燥综合征的一系列症状，如口干、眼干等。
病毒感染因素方面
病毒感染可能诱发： 某些病毒感染可能会触发干燥综合征的发病。例如EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究发现，感染EB病毒后，可能会导致机体免疫调节紊乱，使得自身免疫反应被激活，从而增加干燥综合征的发病风险。病毒持续存在影响： 如果病毒在体内持续存在，会不断刺激免疫系统，进一步加重免疫反应对自身腺体的损伤，使得干燥综合征的病情难以缓解，并且可能逐渐进展。