干燥综合征的发病原因目前尚未完全明确，但研究发现与以下因素密切相关。一般认为遗传因素在其中起到一定作用，比如有研究显示约10%的干燥综合征患者有家族遗传倾向。
遗传因素：
基因关联： 某些人类白细胞抗原（HLA）基因与干燥综合征的发病相关，像HLA - DR3、HLA - DR4等基因位点，携带这些基因的人群患干燥综合征的风险相对较高。家族聚集性： 如果家族中有亲属患有干燥综合征，那么其他家庭成员患病的概率比普通人群要高一些，但具体的遗传模式还在进一步研究中。
免疫因素：
自身抗体产生： 患者体内会产生多种自身抗体，比如抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体攻击自身的唾液腺、泪腺等外分泌腺体，导致腺体功能受损，出现口干、眼干等症状。免疫系统异常激活： 免疫系统处于异常活跃状态，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能失调，引发自身免疫反应，持续破坏外分泌腺体，进而引发干燥综合征的一系列临床表现。
病毒感染因素：
EB病毒感染： 有研究发现，EB病毒可能与干燥综合征的发病有关。EB病毒感染可能会激活人体的免疫系统，改变免疫细胞的功能，从而诱发自身免疫反应，导致干燥综合征的发生。丙型肝炎病毒感染： 部分干燥综合征患者体内可检测到丙型肝炎病毒相关的标志物，提示丙型肝炎病毒感染可能参与了干燥综合征的发病过程，但具体的作用机制还需进一步深入探究。