治疗萎缩性胃炎并没有最好的药物，只有最适合的药物。具体的治疗方案需要根据患者的病情、病因、身体状况等因素来制定。以下是一些常用的治疗萎缩性胃炎的药物：
1.胃酸抑制剂：如奥美拉唑、兰索拉唑等，可抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的刺激。
2.胃黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，可在胃黏膜表面形成一层保护膜，促进胃黏膜的修复。
3.促胃肠动力药：如多潘立酮、莫沙必利等，可增强胃肠蠕动，促进胃排空，缓解胃胀、胃痛等症状。
4.消化酶制剂：如胰酶肠溶胶囊、复方消化酶胶囊等，可补充消化酶，帮助消化食物。
5.根除幽门螺杆菌感染：如果幽门螺杆菌感染阳性，需要使用四联疗法进行根除治疗，即质子泵抑制剂+两种抗生素+铋剂。
6.维生素类药物：如维生素B12、叶酸等，可营养神经，促进胃黏膜的修复。
除了药物治疗，患者还需要注意饮食调理、戒烟戒酒、保持良好的心态等。如果患者的病情较为严重，或药物治疗效果不佳，可能需要进行手术治疗。
需要注意的是，药物的使用应该在医生的指导下进行，患者不可自行增减药量或更换药物。同时，患者应该定期复查，以便医生根据病情调整治疗方案。