男性生殖器疱疹的治疗包括一般治疗、系统用药和外用药物。
一、一般治疗：要注重休息，避免饮酒、劳累以及过度的性生活。当出现临床症状，比如疼痛或是生殖器有簇集、散在的小水疱时，必须避免性生活。
二、系统用药：
1.初发者可根据医嘱使用阿昔洛韦等抗病毒药物。
2.对于复发型则采用间歇疗法，也就是在前驱症状出现前就开始进行治疗。
三、外用药物：
1.可选择以抗病毒、收敛、干燥以及防止继发感染为主的药物，比如依据医嘱应用3%阿昔洛韦软膏或炉甘石洗剂。
2.继发感染时可按医嘱使用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏。
3.若是合并龈口炎，要保持口腔清洁，外用口腔含漱液。
总之，以上所有用药都需要在医生指导下进行，并且出现男性生殖器疱疹的患者应尽快就诊，通过积极治疗以及改善生活方式，有希望使疱疹不再复发。