卵巢发育不良的原因有多种。其中遗传因素是常见原因之一，约占部分卵巢发育不良病例的一定比例。比如特纳综合征，就是由于性染色体异常引起，患者的染色体核型常见为45，X或其变异型，这会导致卵巢发育异常。
遗传因素相关
染色体异常： 像特纳综合征就是因为性染色体数目或结构异常所致。正常女性染色体是46，XX，而特纳综合征患者染色体核型多为45，X，少了一条X染色体，这种染色体异常会影响卵巢正常发育，使得卵巢不能正常产生卵子和分泌雌激素等。还有一些其他少见的染色体结构畸变也可能引发卵巢发育不良。
自身免疫因素
自身免疫攻击： 人体自身免疫系统可能会错误地攻击卵巢组织。例如，患有自身免疫性疾病的女性，自身免疫机制紊乱，产生的抗体可能针对卵巢的相关细胞，导致卵巢组织受损，影响其正常发育和功能。像自身免疫性甲状腺炎患者，同时合并卵巢发育不良的概率相对较高，就是因为自身免疫因素波及了卵巢。
环境及其他因素
不良环境接触： 长期接触一些有害的环境因素也可能影响卵巢发育。比如长期接触化学毒物，像一些农药、工业化学制剂等，这些物质可能干扰内分泌系统，影响卵巢的正常发育过程。另外，长期处于辐射环境中，过高剂量的辐射也可能对卵巢细胞造成损伤，进而影响卵巢发育。还有些女性在幼年时期接受过盆腔放疗，这也会破坏卵巢组织，导致卵巢发育不良。营养因素： 青少年时期营养摄入不均衡也可能与卵巢发育不良有关。如果长期缺乏某些重要营养素，如蛋白质、维生素（尤其是维生素A、E、B族等）、矿物质（如锌、硒等），会影响卵巢的正常生长发育。例如，锌是卵巢发育和功能维持所必需的微量元素，长期缺锌可能导致卵巢发育迟缓或功能异常。