卵巢发育不良的原因较多，遗传因素是其中之一，约占部分病例的一定比例。比如特纳综合征，这是一种常见的与卵巢发育不良相关的遗传性疾病，由于性染色体异常导致卵巢发育异常。
遗传因素相关
染色体异常： 像特纳综合征患者，其染色体核型通常为45，X或其他变异型，这会影响卵巢正常发育。染色体的这种异常改变了基因的组成和表达，进而干扰卵巢的正常分化和功能形成。基因突变： 某些特定基因的突变也可能导致卵巢发育不良。例如，与卵巢发育相关的特定基因发生突变，会影响卵巢组织的构建和功能维持。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）和垂体分泌的促卵泡生成素（FSH）、促黄体生成素（LH）等激素对卵巢发育至关重要。如果下丘脑或垂体出现病变，导致这些激素分泌异常，就会影响卵巢的正常发育。比如垂体肿瘤可能会影响促性腺激素的分泌，从而干扰卵巢发育。激素受体异常： 卵巢细胞上的激素受体如果出现异常，即使有正常的激素水平，也无法正常发挥作用，进而影响卵巢发育。例如，促性腺激素受体异常时，卵巢就不能对促性腺激素产生正常反应，影响卵泡的发育等过程。
自身免疫因素作用
自身免疫性疾病累及卵巢： 身体的免疫系统可能会错误地攻击卵巢组织，导致卵巢发育不良。例如，自身免疫性甲状腺疾病等自身免疫性疾病，可能伴随卵巢的自身免疫损伤，影响卵巢的结构和功能。免疫系统的异常攻击破坏了卵巢的正常细胞，阻碍了卵巢的正常发育进程。