肛窦炎可通过药物等方法治疗，一般可选用抗生素类药物等。通常可使用甲硝唑等药物，不过具体用药需根据病情等因素而定。
药物治疗常用药物
抗生素类药物：对于肛窦炎，可选用抗生素来控制感染。比如甲硝唑，它对厌氧菌有较好的抑制作用，能帮助减轻炎症。另外，头孢类抗生素也可能会被使用，不过具体使用哪种抗生素需由医生根据病情判断。
局部外用药物
栓剂：有一些肛窦炎可使用肛塞栓剂，如消炎止痛栓等，将其塞入肛门内，可起到局部消炎、止痛等作用，缓解肛窦炎带来的不适症状。药膏：还可以使用一些局部外用的药膏，像红霉素软膏等，涂抹在肛门周围，能起到一定的抗菌消炎效果，促进炎症的消退。
非药物治疗方法
坐浴： 可以用温水或中药坐浴，一般每天坐浴1 - 2次，每次坐浴15 - 20分钟左右。通过坐浴能清洁肛门局部，促进血液循环，有助于减轻肛窦炎的炎症。保持肛门清洁：要注意保持肛门局部的清洁卫生，每次排便后最好用温水清洗肛门，避免粪便残留在肛窦内，加重炎症。平时也要勤换内裤，选择宽松、透气的内裤，减少对肛门局部的刺激。
生活方式调整
饮食调整： 在饮食方面要注意，避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，也要少吃油腻的食物。多吃一些富含膳食纤维的食物，像蔬菜、水果等，保持大便通畅，减少大便对肛窦的刺激。一般建议每天摄入蔬菜500克左右、水果200克左右，以保证大便通畅。避免久坐：长时间久坐会影响肛门局部的血液循环，不利于肛窦炎的恢复，所以要避免长时间久坐，每隔一段时间就起身活动一下，促进血液循环。