刚刚查出怀孕却肚子疼，主要考虑以下几种情况：一是正常的早孕反应，二是可能为先兆流产，三是可能为宫外孕。
一、怀孕后通常在停经6周以后，子宫会逐渐增大，从而牵扯韧带，导致下腹出现隐隐的胀痛不适，这种疼痛一般不太明显，且没有阴道分泌物异常以及下坠感。一般无需特殊处理，只要注意休息，保持外阴清洁卫生，饮食清淡即可。
二、如果刚明确怀孕不久就出现肚子疼，那么就有可能是先兆流产或者宫外孕。其中一部分会表现出疼痛较为明显或是阵发性的腹痛且伴有下坠感，有的还会伴随阴道有少量出血或者咖啡色分泌物。此时需要通过做B超来确定妊娠囊的位置以排除宫外孕，同时还要结合血HCG和孕酮的指标来评估胚胎的发育情况。
总之，刚查出怀孕肚子疼的原因较多，需要仔细观察和区分，必要时及时就医检查和处理，以确保孕妇和胎儿的健康安全。