毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般来说，外用抗生素类药物较为常用。比如莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，能有效抑制引起毛囊炎的细菌繁殖，通常局部涂抹，可在一定时间内缓解症状。
一、外用抗生素类药物
1. 莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对毛囊炎常见的金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。一般局部外用，直接涂抹在患处，能帮助减轻炎症、消除感染。2. 夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的细菌也有良好的抑制作用，可通过抑制细菌蛋白质的合成发挥抗菌功效。使用时取适量本品涂于患处，一日2 - 3次，能有效改善毛囊炎症状。
二、抗真菌类药物
1. 酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，从而达到抗真菌治疗毛囊炎的目的。使用时需清洁患处后，薄薄涂抹一层。2. 特比萘芬乳膏： 同样针对真菌感染引起的毛囊炎有疗效，能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，抑制真菌生长繁殖。外用时，一日1 - 2次，均匀涂抹于患处。
三、中药类药物
1. 如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效。可以用醋或酒调敷于患处，对于一些轻度的毛囊炎有一定的治疗作用，能缓解红肿、疼痛等症状。2. 金银花露： 金银花有清热解毒的作用，金银花露口服有一定的辅助治疗毛囊炎的作用，能从内调理，帮助减轻体内的热毒，从而对毛囊炎的恢复有一定益处。但口服时需按照说明书或医嘱服用。