新生儿黄疸高主要是因为胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，胆红素生成相对较多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿在生后2 - 5天会出现生理性黄疸，一般情况良好，不需要特殊处理，可自行消退。
生理性黄疸的原因
胆红素生成过多： 胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞数量多，出生后血氧含量增高，大量红细胞被破坏，使胆红素产生增加。足月新生儿胆红素生成量约为8.8mg/(kg·d)，早产儿更高，可达11 - 13mg/(kg·d)，而成人仅为3.8mg/(kg·d)。肝脏处理胆红素能力不足： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，生后1周才达到成人水平；肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）含量不足且活性差，不能将未结合胆红素充分转化为结合胆红素排出体外。
病理性黄疸的常见原因
胆红素生成过多
红细胞增多症： 常见于母 - 胎或胎 - 胎输血、脐带结扎延迟等情况，使胎儿红细胞增多，出生后红细胞破坏增多，胆红素产生过多。血型不合： 如ABO血型不合或Rh血型不合，母亲与胎儿血型不合，母亲体内抗体通过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿红细胞破坏，导致胆红素生成增加。ABO血型不合较常见，多见于母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型。
肝脏胆红素代谢障碍
感染： 新生儿败血症、肺炎等感染性疾病，细菌及其毒素可抑制肝细胞UDPGT的活性，影响胆红素的结合；感染还可导致缺氧和酸中毒，抑制肝细胞对胆红素的摄取。药物： 某些药物如磺胺类、吲哚美辛等，可与胆红素竞争Y、Z蛋白的结合位点，干扰胆红素的正常代谢。
胆汁排泄障碍
新生儿肝炎： 多由病毒感染引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等，病毒可损伤肝细胞，导致肝细胞对胆红素的摄取、结合和排泄功能障碍。先天性胆道闭锁： 病因尚不明确，可能与胚胎发育异常有关，导致胆道梗阻，结合胆红素排出受阻，使胆红素在体内积聚，引起黄疸。患儿生后1 - 2周出现黄疸，并逐渐加重，粪便颜色变浅甚至呈白陶土色。