新生儿黄疸是新生儿期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿在出生后会出现生理性黄疸。新生儿黄疸引起的原因主要有以下几方面：
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿出生时红细胞数量较多，而红细胞的寿命相对较短，一般为70~90天，相比成人（120天左右）明显缩短，所以红细胞破坏多，产生的胆红素也就增多。据统计，新生儿每天生成的胆红素约为成人的2倍多。血红蛋白分解速度快： 新生儿血红蛋白中胎儿血红蛋白占比较高，这种血红蛋白不稳定，分解速度比成人快，进一步使得胆红素产生增加。
肝脏胆红素代谢障碍
肝细胞摄取胆红素能力不足： 新生儿出生后，肝细胞内Y、Z蛋白含量较低，在出生后1周左右才逐渐达到成人水平。Y、Z蛋白是肝细胞摄取胆红素的重要载体，它们含量不足会影响肝细胞对胆红素的摄取。肝脏结合胆红素功能差： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）的量及活性不足，不能将未结合胆红素充分转化为结合胆红素。这种酶要到出生后1周左右才逐渐成熟，所以新生儿肝脏结合胆红素的能力较弱。
肠肝循环增加
肠道菌群尚未完全建立： 新生儿出生时肠道内几乎无菌，出生后随着喂养等，肠道菌群逐渐建立。而正常情况下，肠道内的细菌可以将结合胆红素还原成尿胆原等排出体外，但由于新生儿肠道菌群尚未完全建立，导致肠肝循环增加。未结合胆红素又被肠道重新吸收进入血液，使得血中胆红素水平升高。肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性高： 新生儿肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，进而使得更多的未结合胆红素被肠道重吸收，加重肠肝循环，导致胆红素水平升高。