乳头凹陷主要是由多种原因导致的，其中先天性因素较为常见，约有20%左右的女性存在一定程度的乳头凹陷情况。
先天性发育异常导致
乳腺导管短缩： 胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，部分乳腺导管较短，无法正常牵拉乳头，从而引起乳头凹陷。这种情况从出生时可能就存在一定的倾向，但在青春发育期乳房发育时会逐渐显现出来。乳头平滑肌发育不良： 乳头内部的平滑肌发育不完善，使得乳头不能正常突出，而是向内凹陷。一般双侧乳头可能同时出现这种情况，且可能伴有乳腺组织发育欠佳等问题。
疾病因素引发
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头凹陷，比如乳腺肿瘤。当乳腺内的肿瘤生长到一定程度，侵犯到乳头周围的组织，包括导管、韧带等结构时，就会牵拉乳头导致凹陷。像乳腺癌，肿瘤细胞浸润乳腺导管及周围组织，可使乳头发生凹陷改变，通常还可能伴有乳房皮肤橘皮样改变、乳房肿块等症状。炎症性疾病： 乳房部位的炎症性疾病，例如乳腺炎。在炎症修复过程中，局部组织发生粘连，也可能影响乳头的正常位置，导致乳头凹陷。不过这种情况相对较少见，且多有乳房红肿、疼痛等炎症表现。
后天因素影响
穿着不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳房造成压迫，影响乳房的正常发育，包括乳头的正常突出。比如青春期女性为了追求身材苗条而过早穿戴过于紧身的内衣，就可能阻碍乳头的正常发育，导致乳头逐渐凹陷。一般建议选择合适尺码、宽松舒适的内衣，尤其是在乳房发育阶段。外伤或手术影响： 乳房部位受到外伤，或者因某些乳房手术操作，比如乳房整形手术等，如果手术中处理不当，损伤了乳头周围的组织，也可能引起乳头凹陷。例如曾经做过乳房局部手术，术后局部组织粘连、瘢痕形成，就可能牵拉乳头导致凹陷。