扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中约65%的扁平疣由HPV-3型引起。
病毒感染途径
直接接触传染： 比如与扁平疣患者直接皮肤接触，就可能被传染。比如一起握手、共用毛巾等，都有可能让病毒传播。间接接触传染： 通过接触被患者污染的物品，像接触被病毒污染的文具、餐具等，也有感染的风险。比如在公共浴室使用了被污染的拖鞋等，就可能感染HPV引发扁平疣。
自身免疫力因素
免疫力低下人群易患： 当人体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体抵御HPV的能力下降，就更容易感染扁平疣。例如，长期熬夜的人，免疫系统功能会受到影响，相比作息规律的人，感染扁平疣的几率会更高。儿童和青少年高发： 儿童和青少年的免疫系统相对还不完善，所以他们也是扁平疣的高发人群。这是因为他们的身体对病毒的抵抗能力相对较弱，在接触到HPV后，更容易受到感染而患上扁平疣。
皮肤破损影响
皮肤有微小破损时易感染： 皮肤如果有微小的破损，比如被划伤、擦伤等，这时候HPV就更容易侵入皮肤细胞，从而引发扁平疣。比如皮肤被指甲轻微划伤后，若接触到含有HPV的物品，就可能感染导致扁平疣出现。外伤后感染风险增加： 皮肤受到外伤后，皮肤的屏障功能受损，感染HPV的概率会大大增加。像皮肤被尖锐物体刺伤后，就为HPV的入侵提供了可乘之机，进而可能引发扁平疣。