扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-3型等病毒。一般来说，人体皮肤出现微小破损时，HPV就容易侵入并感染上皮细胞，从而引发扁平疣。
病毒感染途径
直接接触传染： 比如和扁平疣患者密切接触，像直接握手等，就有可能被传染上HPV。要是皮肤有破损，感染的风险会更高。间接接触传染： 通过接触被患者污染的物品，比如共用毛巾、衣物等，也可能感染HPV。不过这种情况相对直接接触传染来说，概率稍低一些，但也不能忽视。
自身因素影响
免疫力低下： 当人体的免疫力比较低时，比如长期熬夜、过度劳累、患有某些慢性疾病等情况，身体抵御HPV的能力下降，就更容易感染扁平疣。例如，长期熬夜的人，身体的免疫功能会受到影响，相对更容易患上扁平疣。皮肤屏障功能受损： 皮肤的屏障功能如果出现问题，比如皮肤有外伤、湿疹等情况，皮肤的防御能力降低，HPV就更容易入侵。像患有湿疹的人，皮肤处于敏感状态，此时感染HPV引发扁平疣的可能性会增加。
人群易感性差异
青少年和儿童： 青少年和儿童的免疫系统还在发育阶段，相对比较脆弱，所以他们感染扁平疣的几率相对较高。据统计，在皮肤科门诊中，青少年患扁平疣的比例占一定的数量。特殊职业人群： 一些经常需要接触公共物品的职业人群，比如教师、公共交通工具的工作人员等，由于接触人群广泛，感染HPV的机会增多，相对来说患扁平疣的风险也会比普通人高一些。