扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中HPV - 3型是主要的致病型。一般来说，当人体皮肤黏膜有破损时，HPV就容易侵入并感染上皮细胞，从而引发扁平疣。
病毒感染途径
直接接触传播： 扁平疣患者是主要的传染源，健康人直接接触扁平疣患者的病变部位，就有可能被感染。比如，和扁平疣患者共用毛巾、脸盆等个人物品，就有感染风险。间接接触传播： 通过接触被患者污染的物品，如被病毒污染的文具、玩具等，也可能间接感染HPV，进而引发扁平疣。
自身因素影响
免疫力低下人群： 当人体免疫力较低时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染扁平疣。例如，一些长期从事高强度工作、作息不规律的人，相对更容易患上扁平疣。皮肤屏障受损人群： 皮肤的屏障功能受损时，比如皮肤有外伤、 abrasion（擦伤）等情况，HPV更容易侵入皮肤细胞。像经常从事粗糙体力劳动，皮肤容易出现小破损的人，比皮肤完好的人感染扁平疣的几率要高一些。
好发人群特点
青少年群体： 青少年的免疫系统还在发育过程中，相对比较脆弱，更容易受到HPV的侵袭。据统计，16 - 30岁的青少年和年轻成年人是扁平疣的高发人群，这一阶段的人群皮肤代谢活跃，且免疫系统相对不稳定，所以感染HPV引发扁平疣的概率较高。特殊皮肤状态人群： 本身皮肤比较敏感、容易过敏或者有基础皮肤疾病的人，皮肤的自我保护能力较弱，也更易感染HPV导致扁平疣。比如患有湿疹等皮肤疾病的人，皮肤屏障功能已经受损，感染HPV的风险比皮肤健康的人要大得多。