扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV - 3型、HPV - 5型等亚型。一般来说，人体皮肤黏膜有破损时，更容易感染HPV从而引发扁平疣。
病毒感染途径
直接接触传染： 比如与扁平疣患者直接接触，就有可能被传染。比如一起握手、共用毛巾等，都可能让病毒从患者身上传播到健康人身上。间接接触传染： 通过接触被患者污染的物品，像共用的文具、餐具等，也有感染HPV的风险。虽然这种情况相对直接接触传染的概率低一些，但也不能忽视。
自身因素影响
皮肤屏障功能差： 当皮肤的屏障功能较弱时，比如皮肤有擦伤、抓伤等情况，就为HPV入侵提供了便利条件。例如长期处于干燥环境或者皮肤本身比较敏感的人，就更容易感染扁平疣。免疫力低下人群： 像患有某些疾病导致免疫力降低的人，或者长期熬夜、营养不良等使身体免疫力下降的人，感染HPV引发扁平疣的几率会比正常人高。比如长期患有糖尿病的人，由于血糖控制不佳，免疫力相对较低，就更容易长扁平疣。
环境因素作用
公共场所环境： 在公共浴室、健身房等公共场所，如果卫生条件不佳，存在大量HPV病毒，就增加了感染风险。这些地方人员流动大，病毒容易传播。季节变化影响： 一般在春秋季，扁平疣的发病几率可能相对高一些。这可能与春秋季的气温、湿度等环境因素变化，影响人体皮肤状态和免疫力有关。比如春季气温回升，人体皮肤代谢加快，但如果免疫力没有及时调整，就容易感染病毒长扁平疣。