扁桃体肿大通常是由多种原因引起的，其中最常见的是反复的炎症刺激。比如，儿童时期如果反复发生扁桃体炎，就比较容易出现扁桃体肿大，据统计，儿童扁桃体炎的患病率相对较高，尤其是在季节交替时更容易发作。
感染因素导致
病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等都可能引发扁桃体肿大。例如EB病毒感染，会导致咽部淋巴组织增生，进而使扁桃体肿大，患者可能会出现发热、咽痛等症状。细菌感染： 乙型溶血性链球菌是常见的导致扁桃体肿大的细菌病原体。当人体抵抗力下降时，链球菌容易侵入扁桃体，引起扁桃体发炎肿大，此时扁桃体可能会红肿、疼痛明显，甚至有脓性分泌物。
免疫因素相关
自身免疫反应： 人体的免疫系统如果出现异常，可能会对扁桃体组织发起攻击，从而导致扁桃体肿大。比如在一些自身免疫性疾病中，免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来病原体进行攻击，引发炎症反应，使扁桃体肿大。不过这种情况相对较少见。
其他因素影响
邻近器官炎症蔓延： 当邻近的器官发生炎症时，可能会蔓延至扁桃体导致其肿大。例如鼻腔、鼻窦的炎症，炎症分泌物倒流刺激扁桃体，长期以往就可能引起扁桃体肿大。不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒的人，烟草和酒精的刺激会损伤咽部黏膜，降低咽部的抵抗力，容易导致扁桃体反复发炎肿大。另外，长期食用辛辣、刺激性食物，也会对扁桃体产生刺激，增加扁桃体肿大的风险。