宝宝发烧腹泻时，可根据具体情况选择药物。一般来说，可使用益生菌调节肠道菌群，如双歧杆菌等，通常这类药物相对安全。
退烧药的选择
如果宝宝发烧体温超过38.5℃，可以考虑使用对乙酰氨基酚，它适用于3个月以上的宝宝。还有布洛芬，适用于6个月以上的宝宝。但要注意，不能同时使用多种退烧药，避免药物过量。
止泻药的选择
如果是轻微腹泻，可以使用蒙脱石散，它能吸附肠道内的毒素和病菌，保护肠道黏膜。但如果是感染性腹泻，单纯用蒙脱石散可能不够，需要结合其他治疗。另外，消旋卡多曲也可用于止泻，它能抑制肠道分泌。不过，对于小婴儿腹泻，使用药物要特别谨慎，最好在医生指导下使用。
针对病因的药物
如果是病毒感染引起的发烧腹泻，一般没有特效的抗病毒药物，主要是对症处理。而如果是细菌感染导致的，可能需要使用抗生素，比如头孢类抗生素，但抗生素的使用必须严格遵医嘱，不能自行滥用。比如怀疑是细菌性肠炎时，医生会根据情况判断是否使用抗生素，家长不能擅自给宝宝用抗生素。
补充水分和电解质的药物
宝宝发烧腹泻容易脱水和电解质紊乱，可以口服补液盐，像口服补液盐Ⅲ，能补充宝宝丢失的水分和钠离子、钾离子等电解质，预防和纠正脱水。家长要按照说明书正确配制口服补液盐，让宝宝适当饮用。