男人阴茎短小的治疗方式需根据具体情况而定。一般来说，成年男性阴茎勃起后长度小于3厘米，非勃起状态小于1厘米可考虑治疗。目前主要有以下几种情况：
药物治疗是否有效果
目前并没有被广泛认可的能有效使阴茎增大的口服药物。一些所谓的“增大药物”缺乏科学依据，不建议随意使用。
手术治疗的情况
阴茎延长术：
手术原理是通过切断阴茎浅、深悬韧带至耻骨弓处，使埋藏于耻骨联合前方的海绵体成为游离部分，从而增加阴茎的外露长度。一般可延长3~5厘米左右，但手术有一定风险，如感染、出血、阴茎勃起功能障碍等，且并非所有人都适合手术，需要严格评估。
阴茎增粗术：
常见的有自体脂肪注射增粗术，是将自身其他部位的脂肪抽吸出来，经过处理后注射到阴茎海绵体周围的皮下组织；还有硅胶假体植入增粗术，是植入硅胶等假体来达到增粗效果。但手术都存在感染、假体排斥等风险。
非手术的其他干预方式
心理调节：
部分阴茎短小的男性可能存在心理压力，通过心理咨询、心理疏导等方式缓解焦虑、自卑等不良情绪，对改善整体心理状态有帮助，但对阴茎长度本身没有直接的增大作用。
健康生活方式：
保持良好的生活习惯，如合理饮食、适度运动、充足睡眠等，有助于维持身体健康，对生殖系统的正常功能有一定益处，但对阴茎短小本身的治疗作用有限。例如，均衡饮食保证营养摄入，适度有氧运动如慢跑等可增强体质，但不能直接让阴茎变长变粗。