男人阴茎短小的治疗方式需根据具体情况而定。一般来说，对于成年男性阴茎短小，若影响到性生活等，可考虑手术治疗，如阴茎延长术等，但手术有一定风险和适应人群。
非手术观察情况
儿童阶段： 男孩在青春期前，阴茎短小可能是正常的生理现象。因为青春期前性激素分泌较少，阴茎发育相对缓慢。通常男孩到12 - 14岁左右进入青春期，会逐渐开始发育，所以对于12岁以下阴茎稍短小但无其他异常表现的男孩，可先观察等待青春期发育。肥胖因素： 有些男性因肥胖导致阴茎外观短小，这是因为耻骨前脂肪堆积，使阴茎大部分隐匿在脂肪下。这类人群通过减肥，减少腹部脂肪堆积，阴茎外观可能会有一定程度的改善。一般建议将体重指数控制在正常范围（18.5 - 23.9），通过合理饮食和运动来减肥。
手术治疗情况
阴茎延长术： 适用于成年男性，且阴茎发育不良、短小，或外伤部分离断等情况。该手术是在耻骨上分离出一部分隐藏的阴茎海绵体，从而延长阴茎长度。但手术有一定的并发症风险，如出血、感染、阴茎勃起功能障碍等。一般手术费用因地区、医院等因素有所不同，大概在1 - 3万元左右。阴茎增粗术： 对于阴茎不仅短小还较细的男性，可考虑阴茎增粗术。常见的方法有自体脂肪注射增粗术，是将自身其他部位的脂肪抽吸出来，经过处理后注射到阴茎海绵体周围；还有假体植入增粗术，植入人工阴茎假体来达到增粗的效果。自体脂肪注射增粗术可能存在脂肪吸收的问题，而假体植入增粗术需要考虑假体相关的感染等风险。
内分泌治疗情况
雄激素缺乏： 如果阴茎短小是由于体内雄激素缺乏导致，可考虑内分泌治疗。但这种情况相对较少见。一般需要通过检测性激素水平来判断，若确诊为雄激素缺乏，可在医生评估下使用雄激素类药物，但使用这类药物有一定的禁忌和风险，如可能影响凝血功能等，且需要定期监测肝功能等指标。例如，对于因先天性肾上腺皮质增生等疾病导致雄激素缺乏引起的阴茎短小，可能需要在专业医生指导下进行内分泌调节治疗，但治疗过程需谨慎监测各项指标。