孩子早上起床咳嗽的原因主要有以下几种：环境因素、过敏性哮喘、支气管炎、胃食管反流。
一、环境因素。孩子所处的居住环境如果较为干燥，或是孩子在睡觉时咽部会积聚气道的分泌物，那么通常在起床后，这些分泌物就会刺激咽部从而引发咳嗽症状。比如室内空气湿度低，使得呼吸道黏膜干燥，容易引起咳嗽；或者孩子在睡眠中呼吸产生的分泌物积聚在咽部，醒来后就会因这种刺激而咳嗽。
二、过敏性哮喘。若孩子存在过敏性哮喘，其典型表现为咳嗽、胸闷、气促等，尤其在早上起床后，由于进行运动以及受到冷空气的刺激，会使其症状加重，进而表现为早上起床咳嗽。这是因为过敏物质诱发了气道的高反应性，而早上的特定环境因素进一步加剧了这种反应，导致咳嗽出现。
三、支气管炎。如果孩子本身患有支气管炎，炎症的刺激会导致咳嗽，尤其在早上起床时，因为气温相对较低，会让其症状更为明显。支气管炎的存在使得气道存在炎症反应，早晨的温度变化等可能会加重这种炎症反应，从而引起咳嗽加剧。
四、胃食管反流。要是孩子本身存在胃食管反流疾病，在睡觉时反流的胃酸和食物进入咽喉部，那么在早上起床时孩子就会出现保护性的咳嗽，以便将其排出体外。胃食管反流导致胃酸等反流物刺激咽喉部，引起咳嗽反射，以清除这些刺激物。
总之，孩子早上起床咳嗽可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况进行分析和诊断，以便采取合适的治疗措施。